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精舍林立，其中最为著名称为四大书院，分别是湛若水创建的大科书院和云谷书院、方献夫创建的石泉书院、霍韬创建的四峰书院。四书院因方、湛、霍的倡学而大盛，这段时期广东名士辈出，四书院成为此后数十年间广东士大夫一个重要的讲游之所。清代刘子秀评价到：“当湛子讲席，五方问业云集，山中大科之名，几与岳麓、白鹿鼎峙，故西樵遂称道学之山。”方献夫的西樵遗稿中记载了他与湛若水、霍韬二人在西樵切磋的情形：“三院鼎峙，予三人常往来，讲学期间，藏修十余年。”王阳明致信湛若水时称：“叔贤（方献夫）志节远出流俗，渭先（霍韬）虽未久处，一见知为忠信之士，乃闻不时一相见，何耶？英贤之生，何幸同时共地，又可虚度光阴，容易失却此大机会，是使后人而复惜后人也！”可见王阳明对三人的论学期待之高，希望他们珍惜机会，时时相聚，为后世儒林留下千古佳话。
这些人的共同特点是理学大家、仕途显赫。湛若水历任南京礼、吏、兵三部尚书，创立了理学的“甘泉学派”，与王阳明的“阳明学”并称为“王湛之学”。而霍韬与方献夫、梁储，同称为明代南海县的“三阁老”。
有明一代，广东官私书院总共超过二百九十所，远超唐宋元三代之和，南海县就有十八所。虽然受明代政治斗争的牵连，全国各地的私办书院在嘉靖、万历两朝都受到禁毁，广东书院在天启、崇祯两朝书院数量已经回落，讲学之风式微，但书院存在的意义便是为封建统治阶级培养预备队，同时还承担着民众和整个社会起到潜移默化、化民导俗、推行封建伦理的作用。书院的学规、规条、章程甚至连书院的楹联、碑刻、匾额都透射出某种价值意义和教化作用，影响着一代又一代的生徒和民众，对他们的人格、品德以及性情产生重大的影响。嘉靖初年，广东提学使魏校把广州府观音阁、悟性寺、迎真观、天竺寺和仁皇寺改为濂溪、伊川、明道、崇正、晦庵五所书院，并祀奉周敦颐、程颐、程颢和朱熹，书院的祭祀活动向社会开放，除了书院内部人士外，官员士绅、学者、普通民众也有机会参加，不同阶层的社会人员参加书院的祭祀活动，其实就是接受伦理道德的教育和儒学的洗礼，书院祭祀的影响远远超过追悼先贤、传承学术的范畴，可以说起到了与西方教堂类似的作用。
已在明中叶一百多年时间里深受儒家文化熏陶并创造出自己思想文化传统的广东人，再也不自视为南蛮之人。他们可以与最为顶尖的理学家谈道论学，也可以与文坛巨子酬唱往还。伴随着讲学之风式微的，是文学之风兴起，广东诗社鼎盛。嘉靖至明末，广州府城的诗社大大小小十多个，其创始人，或多或少都与西樵山有联系，西樵也成为后来广东文人士大夫的避乱栖身之所。
另外一个重要的社会变化是，从明代中叶开始，广东地方出现了乡村军事化的趋势。黄萧养起义爆发之后，明廷无法镇压，不得不求助于地方豪强，一部分村镇在地方士绅的率领下，迅速形成了地方军事组织，与黄萧养起义军进行了殊死对抗。黄萧养起义被镇压后，随之而来的是地方秩序的重整以及地方权力的重新分配。著名的佛山镇便是在这场动乱中坚决地站在朝廷一边，作为回报，他们的神灵得到了封祀，地方豪强对地方的控制力也进一步扩大。
南海的九江也和佛山一样，利用山川之险，参与了对黄萧养的镇压。黄萧养进攻广州不克，四散劫掠，由水路进攻九江。九江人镇守礼山、马山、镇山，败之。黄萧养死后，礼山更名“忠良山”，九江也得到了丰厚的回报。景泰元年，明代宗赐南海九江为“儒林乡”。由于动乱不断，盗匪横行，广东乡村军事化的现象在明清之际达到顶峰，地方村落广建寨围以求自保，形成“无乡不寨”的特点，极大地增强了地方武装的实力。
西江捕捞鱼苗的人是疍民，明廷将他们强制编入户籍，征收鱼课米。但沿江的大量疍户都参与了黄萧养的起义活动，在起义失败之后，这些疍民纷纷逃亡，脱离了明廷的户籍控制，到了弘治年间，疍户逃亡殆尽，课税无从着落，在这种局势下，两广制台刘大夏奉旨召九江民承西江两岸鱼埠，自封川至高明五、六百里，鱼埠八、九百。自此，九江乡人就垄断了鱼花的捕捞权，从此形成了一股非常大民间势力。