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过两个月的时间，陈香已经通过假面和岱宗夫如何的环境建模，将整个纽约大学内部的所有规则全部破解干净了，就连操纵风和植物动物生长的程序也全都掌握在了自己的手上，自然法则已经掌握的七七八八了。可以说，这里已经是陈香的私人王国，是他的私人领域，他可以说就是这里的神祇，掌控着一切的程序和规则。
在这个过程中，陈香胸中的自然法则也和纽约大学中掌管自然内容的程序融为一体，借由这些程序的运行，陈香对自然法则的掌握也更加深刻了。
在自然法则的催动下，原本仅仅是花坪林带的装饰性绿地，却能够三天一熟的供应起整个纽约大学上千人的饮食，令所有人都能够吃上新鲜的瓜果蔬菜，就连牛羊都能够管够，更令那些觉醒者和变种人们对他顶礼膜拜，将他视为神一样的存在。
在这种节节胜利的情况下，经过陈香拯救和训练，大量的觉醒者被送回了锡安，他们已经成为了陈香的忠实信徒，带着陈香的传奇故事回到了锡安的人群之中，将对陈香的崇拜感情再次在人群之中传播了开来。
没过多久，墨菲斯带着尼奥等人也回到了母体之中。虽然尼奥本人并不怎么觉得陈香是在抢他的风头，但是墨菲斯和崔妮娣他们觉得尼奥也需要承担起救世主的责任，不能让别人抢去了他的责任，从而避免被人篡改了人类的未来。
他们积极的为尼奥四处奔走着，帮他巩固着自己的信徒，并努力的训练他，令尼奥的能力越来越强，更成为了另外一个小队的核心，在纽约大学之外的地方活动着，给母体造成其他的烦恼。
在尼奥他们再一次见先知的时候，宿命继续上演，尼奥他们再一次被为数众多的特工给围住，尼奥在掩护墨菲斯离开的时候，终于被杀死，而他的救世主命格终于觉醒了，而关于他的命运，则正常运行了下去。
陈香听到这个消息之后，只是微微一笑，盘腿坐在纽约大学的一棵橡树下，认真的感受了一下他在尼奥身上的印记，接着便放任尼奥去做他的事情，自己则进一步的感受和掌握着身体里的自然法则。
尼奥，是逃不出他的手掌心的。
一棵金色的桃花树默默的在他的身后浮现起来，散发出令人目醉神迷的光芒，缓慢的生长和散发着，静静的为陈香演化自然法则。
变种人的强大已经开始令母体感到忧虑了，他决定派出乌贼大军将那些飞船，尤其是乌贼号飞船赶回锡安去，好让他们断开同母体之间的联系，从而将纽约大学抽成空壳，任由母体将纽约大学整个推平掉，以避免他们获得能够伤害母体的能力。
当母体拥有足够的掌控整个局势的把握的时候，他才会再度放任陈香出来，继续他们创造力和榨取创造力之间的小游戏的。
在母体的操纵之下，数十万的乌贼大军快速集结起来，带上了三个巨大的机械钻头并向锡安的方向赶去，很快这一行动便被锡安的飞船所监控到，并报送回了锡安总部。
这两个月来，在艾瑞克教授的努力下，锡安又生产出了十六艘飞船，现在锡安方面的飞船数量，已经达到了三十三艘，人形装甲也达到了五百台，整体的军力已经算的上是空前的强大了。
但是在面临这数十万的乌贼大军的时候，三十三艘飞船和五百台装甲只是杯水车薪，他们却也只是待宰的羔羊而已，根本没有直接面对面抵抗的能力。
这一次这些乌贼的进攻目标也根本没有直接针对这些飞船，而是向锡安的方向飞去，还带着三个巨大的钻头，想要一举将整个锡安摧毁掉。
陈香一眼便看出来，这其实就是母体一个围魏救赵的计策。它想要让所有的飞船都离开通讯层，使得母体中的觉醒者们都离开这里，要攻击飞船们必须拯救的地方，这样一来他们就必须离开机器城市附近，从而断开链接，撤出母体中的那些觉醒者们，这样一来，纽约大学就会成为空城，从而就可以更加方便的加以铲除了。
母体真是打的一手好算盘啊，只可惜它遇到了自己。陈香微微的笑了笑。
在第一时间里侦查到这个情况之后，所有的船长都在纽约大学的学术礼堂里开会。陈香毫无疑问的坐在最上首，查尔斯教授没有坐在桌子上，而是坐在了他的斜后方，表示出对陈香的支持态度。RS